Investigação da variação do número de cópias gênicas (CNVS) utilizando multiplex, ligation-dependent probe amplificarion (MPLA) em amostras de tumor, tecido adjancente e sangue periférico obtido de portadores de carcinoma colorretal
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Introdução: O câncer colorretal (CCR) é uma das neoplasias mundialmente mais incidentes e sua etiologia principalmente na forma esporádica, ainda é pouco compreendida. As novas técnicas de investigação do genoma, como a MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification) mostraram que as CNVs têm uma relação importante com a instabilidade genômica e o desenvolvimento do CCR. Objetivo: Investigamos amostras de tecido e sangue que foram obtidas de pacientes com CCR, sem tratamento neoadjuvante prévio, com o objetivo de construir um perfil genômico para estes, provenientes do Serviço de Cirurgia Gástrica de Hospitais associados a FMABC. Métodos: Estudamos 20 amostras de tecido obtidas por biópsia de 10 pacientes com CCR, sendo 10 amostras neoplásicas e 10 amostras de regiões djacentes. Amostras de sangue periférico de todos os pacientes foram utilizadas como controle. O DNA foi extraído com os kits o QIAamp DNA Blood and Tissue Midi (QIAGEN, Valencia, CA, EUA) e as CNVs foram detectadas pelo método MLPA (MRC-Holland®, Amsterdam, The Netherlands) com diferentes kits. A caracterização do perfil de instabilidade foi obtida utilizando os kits P036 e P070 que investigam alterações nas regiões subteloméricas e a detecção de CNVs relevantes para o CCR foi obtida utilizando os kits P413 e P146 que investigam perdas e ganhos de regiões genômicas especificas associadas ao desenvolvimento e progressão do CCR. Os resultados foram analisados com o programa GeneMarker® software (SoftGenetics, LLC, State College, PA - www.softgenetics.com). Resultados: Os resultados com os kits subteloméricos nas amostras de tumor evidenciaram as seguintes alterações: deleções nos genes KDM5A (12p), TNFRS18 (1p), CTDP1 (18q), TRIML2 (4q) IL17RA (22q), MTA1 (14q), GAS8 (16q); e duplicações nos genes CHL1 (3p), PSPC1 (13p), SOX12 (20p), SYBL1 (Xq), CDC16 (13q), PDCD6 (5p), RABL2B (22q). Os resultados com os kits específicos para CCR mostraram ganhos genômicos no braço longo do cromossomo 20, incluindo sondas localizadas nos genes ADMR1, OPRL1, MAPRE1, TPX2, ZNF217; ganhos no braço curto do cromossomo 17, abrangendo os genes MNT e OVCA2. E perdas genômicas no braço curto do cromossomo 8, incluindo marcadores em CDCA2, NKX3, LPL e perdas no braço longo do cromossomo 13, incluindo os genes RB1, DACH, PSPC, ZMYM2. Também foram detectadas algumas alterações genômicas no tecido circundante. Discussão e Conclusão: As anormalidades concomitantes observadas nas regiões subteloméricas de todas as amostras mostraram claramente o perfil de instabilidade genômica desses tumores. Inesperadamente, também foram detectados desequilíbrios genômicos semelhantes no tecido circundante de alguns pacientes, inéditos na literatura, sugerindo que existe um campo de instabilidade cromossómica em torno do tumor, e, portanto, a caracterização genômica deste tecido é crítica para o rastreio da progressão dessa doença. Adicionalmente verificou-se que as alterações genômicas encontradas no tecido tumoral, com os marcadores do kit específico, estão associadas com a migração e adesão celular, ativação da transcrição, apoptose e desregulação do sistema imune, sendo importantes para caracterizarmos a inicialização e a progressão do tumor nesses pacientes, uma vez que variantes estruturais que levam à instabilidade, e até mesmo perda de braços inteiros têm impacto importante na dosagem do gene e influenciam diretamente o material que está disponível para a transcrição. Ainda, um estudo ampliado do perfil genômico utilizando esse modelo poderá revelar marcadores prognósticos relevantes nessa população.
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